《暗杀教室》讲述把月球炸掉了七成，并扬言要毁掉地球的杀老师，前往一所中学担任教师的故事，以日本为首的各国首脑们在发现这一个消息之后，决定将暗杀杀老师的任务交给当时正在3年E班读书的学生们，希望他们能够在一年之内将老师除掉，并开出了高达一百亿日元的高额赏金，因此班上的学生们开始想尽办法在没人知晓的情况下杀掉老师，这场有关教师和学生之间的斗争便这样展开

3年E班是一间暗杀教室，这里的班主任正是炸掉了月球的超生物杀老师，政府则委托全班的同学们杀掉老师，随着三年E班的学生们不断暗杀老师失败，他们的自信心也受到了打击，杀老师为了鼓励学生们，邀请他们去纽约观看棒球比赛，并告诉了学生们自己的特点，学生们开始拾起信心，并努力杀掉老师。